ICS11.220 B41 中华人民共和国国家标准 GB/T27517—2011 鉴 别猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性 与经典毒株复合RT-PCR方法 AmultiplexRT-PCRmethodtodifferentiatethehighly pathogenicandclassicalporcinereproductiveand respiratorysyndromevirus 2011-11-21发布 2012-03-01实施 中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局 中国国家标准化管理委员会发布前 言 本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。 本标准由中华人民共和国农业部提出。 本标准由全国动物防疫标准化技术委员会(SAC/TC181)归口。 本标准起草单位:河南省动物疫病预防控制中心。 本标准主要起草人:吴志明、闫若潜、张志凌、张健、荆汝顶、刘光辉、赵明军、曹杰伟、钱勇、程俊贞、 赵雪丽、张盼。 ⅠGB/T27517—2011 鉴别猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性 与经典毒株复合RT-PCR方法 1 范围 本标准规定了检测以基因组非结构蛋白Nsp2编码区缺失30个氨基酸为特征的猪繁殖与呼吸综 合征病毒高致病性毒株与非缺失30个氨基酸的猪繁殖与呼吸综合征病毒经典毒株复合RT-PCR鉴别 诊断方法。 本标准适用于疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪血清及临床病料等样品中的病毒核 酸检测。 2 试剂和仪器设备 除另有规定外,所用生化试剂均为分析纯。提取RNA所用试剂均应使用无RNA酶的容器进行 分装。 2.1 试剂 2.1.1 拭子悬液(见附录A),组织悬液(见附录A),以上试剂常温保存。 2.1.2 阿氏液(见附录A),裂解液(TriZol),1×TAE核酸电泳缓冲液(见附录A),氯仿,0.01mol/L (pH7.2)的PBS(见附录A),DEPC处理水(见附录A),以上试剂4℃保存。 2.1.3 异丙醇,75%乙醇,DNA分子量标准,6×电泳上样缓冲液,以上试剂-20℃保存。 2.1.4 阳性对照、阴性对照(见附录A)。 2.1.5 复合RT-PCR扩增用上、下游引物序列参见附录B。 2.1.6 鉴别猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性与经典毒株复合RT-PCR反应体系组成、说明及使用 注意事项参见附录C。 2.2 仪器设备 PCR扩增仪,高速冷冻离心机(离心力在12000g以上),核酸电泳仪和水平电泳槽,恒温水浴锅, 2℃~8℃冰箱,-20℃冰箱,单道微量移液器(0.5μL~10μL;2μL~20μL;20μL~200μL;100μL~ 1000μL),组织匀浆器或研钵,凝胶成像系统(或紫外透射仪),真空干燥器(非必备)。 3 样品的采集、处理、存放及运输 3.1 样品采集及处理过程的注意事项 采样过程中样本不得交叉污染,采样及样品处理过程中应戴一次性手套、口罩、帽子。 3.2 样品的采集及处理 3.2.1 拭子样品 3.2.1.1 鼻腔拭子:采样时要将棉拭子深入鼻腔来回刮3~5次,取鼻腔分泌物。 1GB/T27517—2011 3.2.1.2 肛门拭子:将棉拭子深入肛门转一圈沾取粪便。 3.2.1.3 将鼻腔拭子和肛门拭子一起放入盛有1.0mL拭子悬液的Eppendorf管中,然后将拭子悬液 转入无菌Eppendorf管中,4℃条件下5000r/min离心10min,取上清转入新的无菌Eppendorf管中, 编号备用。 3.2.2 组织样品 组织样品采集时应采取有明显病变的淋巴结、扁桃体、肺脏、脾脏、肾脏、胸腺等组织样品。用无菌 的剪刀和镊子剪取待检样品0.5g左右于组织匀浆器或研钵中充分匀浆或研磨,再加0.3mL~0.5mL PBS混匀,然后将组织悬液转入无菌Eppendorf管中,4℃条件下5000r/min离心10min,取上清转入 新的无菌Eppendorf管中,编号备用。 3.2.3 血清或抗凝血 用无菌注射器自耳静脉或前腔静脉采集血液3mL~5mL,待血清析出后直接吸取至无菌Eppen- dorf管中,编号备用;用无菌注射器先吸入抗凝剂(阿氏液)2mL~3mL,再自耳静脉或前腔静脉采集 等量血液,快速混匀后转入无菌Eppendorf管中,编号备用。 3.3 存放与运送 采集或处理的样品在2℃~8℃条件下保存应不超过24h;若需长期保存,应放置-70℃冰箱,但 应避免反复冻融。采集的样品密封后,采用保温壶或保温桶加冰密封,尽快运送到实验室。 4 操作方法 4.1 样品RNA的制备 4.1.1 取1.5mL灭菌Eppendorf管,每管加入300μL裂解液,然后分别加入待测样品、阴性对照样 品、阳性对照样品各100μL,吸头反复吸打混匀(一份样品换用一个吸头);再加入100μL氯仿,充分颠 倒混匀(不宜过于强烈);于4℃条件下,12000r/min离心15min。 4.1.2 吸取离心后各管中的上清液150μL转移至新的1.5mL灭菌Eppendorf管中(注意不要吸出 中间层),加入150μL-20℃预冷的异丙醇,颠倒混匀,室温放置15min。 4.1.3 4℃条件下12000r/min离心15min(Eppendorf管开口保持朝离心机转轴方向放置)。轻轻 倒去上清,倒置于吸水纸上,吸干液体,不同样品应置于吸水纸不同地方沾干。加入1mL75%乙醇,轻 轻颠倒洗涤。 4.1.4 4℃条件下12000r/min离心5min(Eppendorf管开口保持朝离心机转轴方向放置)。轻轻倒 去上清液,倒置于吸水纸上,吸干液体,不同样品应在吸水纸不同地方吸干。 4.1.5 4℃条件下12000r/min离心30s,将管壁上的残余液体甩到管底部,用微量加样器尽量将其 吸干,一份样本换用一个吸头,吸头不要碰到有沉淀一面,真空抽干3min~5min或室温干燥10min。 不宜过于干燥,以免RNA不易溶解。 4.1.6 加入11μLDEPC处理水,轻轻混匀,溶解管壁上的RNA,2000r/min离心5s,冰上保存备 用。提取的RNA应在2h内进行RT-PCR扩增或放置于-70℃冰箱备用。 4.2 反转录(cDNA的合成) 配制反转录反应体系(参见附录C),向每管中加入4.1.6中相应RNA10μL,37℃水浴1h或置 于PCR仪中37℃1h,反应结束后,70℃15min灭活反转录酶,直接用于下面的PCR扩增或-20℃ 冻存备用。 2GB/T27517—2011 4.3 复合PCR扩增 配制复合PCR反应体系(参见附录C),在室温下融化后,瞬时离心使液体全部聚集在管底部,向每 管中加入4.2中相应cDNA4μL,经充分混匀后瞬时离心使液体全部聚集于管底,加入25μL的石蜡油 覆盖液面(若PCR仪具有热盖加热功能时PCR反应管中也可不加石蜡油,但推荐采用加石蜡油的 方法)。 PCR扩增条件:95℃预变性5min后,94℃45s,59℃45s,72℃45s共35个循环,最后72℃延 伸10min。扩增反应结束后取出放置于4℃。 4.4 PCR扩增产物的电泳检测 称取1.2g琼脂糖加入100mL核酸电泳缓冲液中加热,充分溶化后稍放凉,加入适量的溴化乙锭 (终浓度0.5μg/mL),倒入胶槽制备凝胶板。在电泳槽中加入1×TAE核酸电泳缓冲液,使液面刚刚 没过凝胶。取5μL~10μLPCR扩增产物分别和1μL~2μL6×电泳上样缓冲液混合后,分别加样到 各凝胶孔,取5μLDNA分子量标准加到一凝胶孔中。5V/cm恒压下电泳30min左右。将电泳好的 凝胶放到紫外透射仪或凝胶成像系统上观察结果,进行判定并做好试验记录。 5 结果判定 5.1 试验结果成立条件 猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性与经典毒株阳性对照的PCR扩增产物,经电泳后分别在400bp 和264bp位置出现特异性条带,同时阴性对照的PCR扩增产物电泳后没有任何条带(参见附录D),则 试验结果成立;否则结果不成立。 5.2 阳性判定 在试验结果成立的前提下,如果样品的PCR产物电泳后在400bp和264bp的位置上同时出现特 异性条带,判定为猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性与经典毒株核酸检测双阳性;若400bp位置出现 特异条带而264bp位置无特异条带,判定为猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性毒株核酸检测阳性;若 264bp位置出现特异条带而400bp位置无特异条带,判定为猪繁殖与呼吸综合征病毒经典毒株核酸检 测阳性。 5.3 阴性判定 在试验结果成立的前提下,如果400bp和264bp位置均未出现特异性条带,判定为猪繁殖与呼吸 综合征病毒高致病性与经典毒株核酸检测阴性。 3GB/T27517—2011 附 录 A (规范性附录) 试剂的配制 A.1 拭子悬液 在0.01mol/LPBS液中添加以上所有的抗生素,浓度提高5倍;加入抗生素后调pH值至7.2~7.4。 A.2 组织悬液 在0.01mol/LPBS液中添加青霉素(2000IU/mL),链霉素(2mg/mL)、庆大霉素(50pg/mL)和 制霉菌素(1000IU/mL)。 A.3 阿氏液 葡萄糖2.05g,柠檬酸钠0.8g,柠檬酸0.055g,氯化钠0.42g,加蒸馏水至100mL,溶解后调 pH值至6.1,69kPa15min高压灭菌,4℃保存备用。 A.4 1×TAE核酸电泳缓冲液 Tris碱,24.2g;冰乙酸,5.71mL;0.5mol/LEDTA(pH8.0),10mL;加蒸馏水至100mL,使用时 用蒸馏水作50倍稀释,即为1×TAE核酸电泳缓冲液。 A.5 0.01mol/L(pH7.2)的磷酸盐缓冲液(PB